E' Galilei stesso, dopo le sue scoperte, a volerle patrocinare a Roma, presso la prestigiosa "Accademia di matematica" dei Gesuiti del Collegio Romano.

In quest'epoca i gesuiti sono un ordine forte, diffuso in tutto il mondo, con immensi meriti in campo scientifico. Padre Matteo Ricci, ad esempio, è colui che negli stessi anni introduce la scienza occidentale in Cina, facendo conoscere a quel paese l'orologio automatico, la matematica, la geometria e la cartografia dell'Occidente e insegnando ai cinesi che la terra è tonda e non quadrata.

Di poco posteriori sono i gesuiti Martino Martini, autore nel 1655 del Novus Atlas Sinensis, il primo Grande Atlante della Cina, ed Eusebio Chini, un altro missionario gesuita, esploratore, cartografo, che avviò lo sviluppo civile ed economico delle terre che oggi costituiscono lo Stato messicano del Sonora e quello americano dell'Arizona, insegnando agli indigeni l'arte della coltivazione, dell'allevamento, dell'irrigazione, della distillazione, della lavorazione del ferro…I gesuiti sono viaggiatori, missionari, instancabili costruttori di scuole, abili matematici ed astronomi.

 A ragione Galilei vuole passare da loro. Ed infatti è il matematico gesuita Cristoforo Clavio a tributargli "gran lode" "in quanto primo che abbi osservato questo". "La dichiarazione del Clavio, osserva il Camerota, segnò un punto decisivo nella campagna condotta da Galileo a sostegno delle straordinarie scoperte dei biennio 1609-1610. L'indiscutibile competenza scientifica della scuola gesuita ed il grande prestigio personale del suo principale esponente contribuivano, infatti, a garantire in modo estremamente autorevole la piena attendibilità dei riscontri telescopici galileiani. A seguito di quel pronunciamento, lo stesso Galilei, nel febbraio 1611, notava come, ormai, a dubitare dell'effettività delle 'novità celesti' fossero rimasti solo i rappresentanti del più stolido e pertinace aristotelismo" (M. Camerota, Galileo Galilei, vol.I pag. 240, Mondadori). Dopo questi fatti Galilei, nella primavera del 1611 viene "ricevuto dal papa Paolo V, che non volle che lo scienziato si genuflettesse ai suoi piedi" ed entra nelle grazie di cardinali e prelati romani. Tra i riconoscimenti dei gesuiti, non si può dimenticare il discorso in cui il gesuita belga Odo van Maelcote, incaricato dal Bellarmino, esalta Galilei come "uno dei più grandi astronomi del nostro tempo", e lascia addirittura intendere "l'accettazione di una prospettiva copernicana" (i gesuiti, lungi dal rimanere ancorati al sistema tolemaico, ne vedono chiaramente le mancanze, deridono "le fantasie degli antichi", e cercano, o di correggerlo, o di propendere per il modello "geo-eliocentrico" tychonico).

Il vero e proprio "trionfo romano" si conclude con l'ammissione di Galilei, probabilmente su richiesta di mons. Malvasia, all'Accademia dei Lincei, un prestigioso cenacolo segnato da un fervente senso religioso, posto sotto la protezione papale, e considerato da molti come la prima società scientifica d'Europa. Tornato da Roma con grandi onori, Galilei viene subito avversato da un "gruppo di aristotelici toscani", suoi colleghi d'università, per i quali Galilei "rappresenta un outsider, particolarmente inviso in quanto balzato rapidamente, sull'onda del successo delle scoperte astronomiche, a grandi onori" e a "generosi proventi" (idem, p. 270).

A questo punto lo scienziato pisano scopre le macchie solari, che in realtà aveva già mostrato a Roma a "molti prelati". La notizia, Phebus habet maculas, è scioccante per il Cremonini e i Peripatetici tutti, che vedono attaccata ancora una volta la loro credenza nell'immutabilità e incorruttibilità della materia celeste, e anche per tutti quei rinascimentali che, rispolverata la magia degli antichi, cercano di far rinascere un culto del sole.       Per i cattolici, le macchie di Febo non comportano alcun problema teologico. Anzi, ribadendo "il pieno riconoscimento dell'intrinseca unità di tutti i fenomeni dell'universo" e abbattendo definitivamente la separazione tra sfera celeste e terrestre, riconfermano l'idea della creazione, contrapposta ad un'idea panteista ed animista, in quell'epoca tornata di moda. Gli unici contrasti in ambito cattolico nascono tra Galilei e un bravissimo matematico ed astronomo gesuita, Christoph Scheiner, anzitutto sulla priorità di chi abbia scoperto le macchie solari (Galilei), poi su chi abbia per primo parlato dell'inclinazione dell'asse solare (Scheiner).

Nel 1612 però Galilei scrive al cardinal Conti, il quale, nella sua risposta, dichiara l'alterabilità della materia celeste "comune opinione dei Padri"; quanto al movimento di rotazione terrestre lo ritiene possibile, ed indica la posizione del teologo spagnolo Diego de Zuniga, che in un suo commentario al libro di Giobbe sosteneva "essere più conforme alle Scritture moversi la terra, ancor che la sua interpretazione non sia seguita" (idem, p.311). In questo periodo Galilei comprende che l'ultima possibilità che i suoi avversari hanno di screditarlo è quella di "buttare la cosa in politica", o meglio, in religione.

E' risaputo, infatti, che dietro i due sciocchi domenicani, il Caccini e il Lorini, che causeranno il primo "processo" a Galilei nel 1616, si muovono un gruppo di aristotelici, una vera e propria "lega antigalieliana", guidata da Lodovico Delle Colombe, che Galilei chiama "pippione" (in toscano "piccione", ma anche "coglione"). Costui era stato appunto il primo, dopo numerosi scontri in nome di Aristotele, a tirare in ballo la Scrittura contro la dottrina copernicana, come ultima ratio e per motivi evidentemente strumentali (idem, p. 313). Scrive a proposito Federico Di Trocchio: "Le indagini storiche hanno però accertato che fu un gruppo di scienziati pisani e fiorentini a suscitare il fatale scontro tra Galileo e la Chiesa, mossa che costituiva l'unica possibilità di arrestare il copernicanesimo, vista l'impossibilità di contrastarlo sul piano scientifico. L'ostilità della comunità scientifica nei confronti di Galilei fu, almeno all'inizio, generale. L'amico Paolo Gualdo gli scriveva da Padova nel 1612: 'Che la terra giri, sinhora, non ho trovato né filosofo né astrologo che si voglia sottoscrivere all'opinione di Vostra Signoria…'. I più accaniti oppositori furono però un gruppo di studiosi di Pisa e Firenze: Giorgio Coresio, professore di greco all'università di Pisa, Vincenzo di Grazia, che insegnava invece filosofia, nonché Arturo Pannocchieschi, rettore della stessa università. Altro importante membro del gruppo era Cosimo Boscaglia, professore a Pisa, prima di logica e poi di filosofia, che fu molto apprezzato da Ferdinando I e Cosimo II de' Medici. Il più agitato del gruppo era però un filosofo dilettante di Firenze, Lodovico delle Colombe, che viene descritto da un contemporaneo come un individuo 'lungo, magro, nerastro, e di fisionomia sgradevole'. Galieli lo chiamava Pippione, che in toscano vuol dire sia 'piccione' che 'coglione', nel duplice senso, sia letterale che metaforico. Tutto il gruppo veniva perciò indicato nelle sue lettere come la 'lega del Pippione'". Tra i motivi di avversione a Galilei vi è senza dubbio anche l'invidia: "I risultati clamorosi ottenuti con le osservazioni rese possibili dal cannocchiale e la pubblicazione del 'Sidereus nuncius' avevano reso Galileo rapidamente famoso, sicché per tornare dall'università di Padova a Pisa aveva preteso delle condizioni di privilegio. Per essere libero di fare ricerca, non aveva infatti alcun obbligo di insegnamento: il suo stipendio veniva però pagato con i fondi dell'università e si trattava, oltretutto, di uno stipendio superiore a quello degli altri professori, i quali erano tenuti, oltre a insegnare, anche ad abitare a Pisa, obbligo dal quale Galilei era esentato. Questi e altri privilegi, accordati a chi si contrapponeva all'ortodossia scientifica del tempo, apparivano ampiamente ingiustificati al mondo accademico pisano". (Federico Di Trocchio, "Il genio incompreso", Mondadori).

Che i due domenicani, il Lorini e il Caccini, siano strumenti della suddetta lega e del Delle Colombe, lo testimonia anche una lettera di Matteo Caccini, al fratello domenicano: "Ma che leggierezza è stata la vostra, lasciarvi metter su, da piccione o da coglione, a certi colombi! Che havete a pigliarvi gl'impicci d'altri?". In un'altra missiva, Matteo rivela di aver appreso che "la sua (di Tommaso) è stata un a carriera fatta da que' colombi, et io la tengo per verissima" (Camerota, p.325-326).

I primi guai a Galilei nascono dunque da baruffe di scienziati, di colleghi universitari, aristotelici o invidiosi, tramite la sciocca ingenuità di domenicani ignoranti e facilmente manipolabili, è bene ripeterlo, dagli scienziati e dagli intellettuali dell'epoca.